事件發生後，台鐵局長鹿潔身指出，出事列車剛做完6年的大保養，但在時代力量立委黃國昌質詢時，台鐵的說辭卻不統一。宜蘭地檢及交通部指，駕駛該列車的尤姓司機操作不當引起事故，企圖將罪責歸咎於司機一人。直到司機員通聯記錄流出、內部員工爆料後才改口稱並非司機個人問題。綜上前後不一的言辭，更讓民眾認定，普悠瑪列車事故疑點重重。

宜蘭地檢署依業務過失致死罪嫌，起訴司機員尤振仲，案件目前持續偵辦中。不過地檢署在事發第二天就從醫院帶走司機偵訊，並當日發布新聞稿，指事故原因是「飆速致命、人為疏失」，頓時讓司機承受莫大壓力不願接見任何人，也違反了「偵查不公開」的原則。不免讓外界猜疑，到底是什麼樣的力量促使宜蘭地檢署還沒釐清案清，就第一時間報告事故原因，連法律原則都置之不理？

普悠瑪事件與2005年日本JR福知山線脫線事故可以說是不謀而合。回顧當年日本福知山事件，這輛快速列車共有五節車廂出軌，其中兩節撞向鐵路旁的公寓樓，車廂受到擠壓後完全變形，造成了107人死亡、562人受傷，經驗不足的駕駛司機高見隆二郎也在這場事故中離世。紀念館與紀念碑於今年9月開放給罹難者家屬及所有民眾，且日本進行全面檢討後的道歉啟事更是刊登了長達13年，至今仍未撤下。